北京大学医学部审计室是内部审计机构，主要工作职责包含：经济责任审计、建设工程审计、科研经费审计、经济合同审核、财务对账单审签等。

北京大学医学部审计中心办公室设在审计室，开展北京大学医学部附属医院经济责任审计等内部审计实践和理论研讨工作。